Синаххериб вел дальновидную политику. Планируя завоевание Египта, он ставил своей целью направить торговый путь на Восток, минуя Вавилонию, чтобы свести на нет ее роль как торгового центра почти всей Передней Азии.
Вавилоняне, естественно, оказывали сопротивление этим планам. И даже ставленник Синаххериба Белибни под влиянием своих соотечественников в конечном счете откололся от Ассирии и вступил в союз против нее с халдеями.
В 700 году Синаххериб нанес поражение союзу Вавилона и Халдеи и снова захватил Вавилон. Учитывая, что Белибни был лишь слепым орудием в руках вавилонской верхушки, он ограничился возвращением его обратно в Ниневию. На вавилонский престол Синаххериб поставил своего старшего сына, Ашшурнадиншума, а сам выступил против Мардук-апла-иддина.
Мардук-апла-иддин был одним из самых опасных врагов Ассирии. Вытесненный в 702 году из Вавилона, он отступил в свои наследственные владения, защищенные болотами, казавшимися непроходимыми, в халдейскую область Бит-Якин, на берегу Персидского залива. Однако и тут его настигли войска Синаххериба. Мардук-апла-иддин не решился оказать сопротивление. Погрузив на корабли небольшое количество воинов и захватив с собой статуи богов, он пересек Персидский залив и добрался до южного побережья Элама. Не имея флота, Синаххериб не пытался его преследовать и удовольствовался захватом в плен халдеев, оставшихся на берегу (в том числе брата и сыновей Мардук-апла-иддина).
Мардук-апла-иддин получил от эламского царя Халлудуша-Иншушинака II город Нагиту, «лежащий посреди моря», т. е. на одном из островков Персидского залива. Здесь он чувствовал себя в полной безопасности.
Действительно, Синаххериб на шесть лет оставил своего злейшего врага в покое. Он подчинял воинственных горцев, обитавших на северо-востоке от среднего течения Тигра, а затем перебросил свои войска на северо-запад, в Киликию, где в 696 году было усмирено восстание наместника Кируа. На следующий год Синаххериб покорил соседнее царство Тиль-Гаримму в восточной части Каппадокии.
Только в 694 году Синаххериб решил возобновить борьбу с Мардук-апла-иддином и окончательно расправиться с этим непримиримым врагом Ассирии. Но добраться до его новой резиденции, города Нагиту, можно было только морем. И тогда Синаххериб с помощью финикийцев построил флот.
Он высадился с моря, взял город и увез с собой беглецов. Ни один из ассирийских государей не предпринимал ничего подобного, ни один из них не повторил этого. Многие одержали и более крупные сухопутные победы, чем он, но Синаххериб единственный победитель на море.
Итак, последнее убежище Мардук-апла-иддина было подвергнуто разгрому и были опустошены соседние области Южного Элама. Множество халдейских пленников (беглецов из Бит-Якина), а также эламитов было уведено в Ниневию. Однако среди пленников не оказалось самого Мардук-апла-иддина. Больше мы ничего о нем не знаем. Надо полагать, ему удалось ускользнуть и он умер в изгнании. Так завершилась 30-летняя борьба Ассирии с халдейским претендентом на царский трон Вавилона.
Однако эламский царь Халлудуш-Иншушинак II и его преемник, Кудур-Наххунте, не оставили мысли об отторжении Вавилонии от Ассирии и превращении ее в государство, зависимое от Элама. В Вавилоне появляются новые ставленники эламитов. Опустошив южные области Элама, Синаххериб пытается нанести врагу новый удар и в 693 году направляется в северо-западные горные области Элама. Этот поход начался удачно. Тридцать четыре эламских города с окрестными селениями были разорены, и спорные пограничные районы присоединены к ассирийской провинции Дер (на восточном берегу Тигра). Эламский царь Кудур-Наххунте покинул свою укрепленную резиденцию Мадакту и удалился в отдаленную горную твердыню — Хидалу. Синаххериб двинулся через горы по направлению к покинутому «царскому городу» Мадакту, но его поход из-за неблагоприятных погодных условий был внезапно прерван. Наступил месяц кислим (ноябрь-декабрь). В горах Загра разразились стремительные ливни, а затем начался снегопад. Горные ручьи разлились, и переправиться через них не было никакой возможности. Синаххериб «устрашился» (как он сам откровенно признает) не противника, отказавшегося от сопротивления, а разбушевавшейся стихии и повернул назад.
Вскоре он получил радостную весть. Царь Элама, Кудур-Наххунте, внезапно скончался. На престол вступил его младший брат — Умман-Менан. Однако, как и его предшественник, новый царь решил продолжить борьбу с Синаххерибом за господство в Вавилонии.