С отъездом Никона в русской церкви наступила смута. Следовало избрать нового патриарха. Но поведение Никона не допускало этого. По прошествии некоторого времени он уже раскаивался в своем поспешном удалении и опять стал предъявлять претензии на патриаршество. «Я оставил святейший престол в Москве своею волею, — говорил он, — московским не зовусь и никогда зваться не буду; но патриаршества я не оставлял, и благодать Св. Духа от меня не отнята». Эти заявления Никона сильно смутили царя и должны были смутить многих, даже и не врагов Никона: теперь нельзя было приступить к избранию нового патриарха, не решив вопроса, в каком отношении он будет находиться к старому? Для рассмотрения этой проблемы в 1660 г. был созван собор русского духовенства. Большинство архиереев было против Никона и постановило лишить его сана, но меньшинство доказывало, что поместный собор не имеет такой власти над патриархом. Царь Алексей согласился с доводами меньшинства, и Никон сохранил сан. Но это так запутало дело, что оно могло быть разрешено только международным советом.
* * *
Протопоп Аввакум вернулся в Москву в начале 1663 г, когда распря между царем и патриархом достигла апогея. Но теперь он уже не был простым малоизвестным священником — его сопровождал ореол мученичества, дорогой ценой добытый в Тобольске и Даурии и привлекавший к нему внимание даже тех, кто не хотел знаться с ним раньше. Враги Никона встретили Аввакума с великой радостью. Сам царь обрадовался его приезду и принял протопопа очень милостиво. Казалось, настала благоприятная пора для отмены никоновских нововведений.
Аввакум подал Алексею Михайловичу пространную челобитную против еретических новшеств опального патриарха. Царь отвечал ему уклончиво. Обходя молчанием просьбу Аввакума, он постарался склонить его к уступчивости путем льгот и пожалований. Алексей предложил ему сперва место своего духовника, а потом справщика на Печатном дворе. Сулили ему также деньги, и за все это просили только, чтоб он воздержался от своих обличений, по крайней мере до собора, который обсудит реформу. Аввакум поначалу как будто успокоился и в ожидании того времени, когда ему будет поручено исправление богослужебных книг, прекратил публичные выступления.
В Москве он жил в доме своей духовной дочери боярыни Федосьи Морозовой, которая вскоре стала одной из самых ревностных его последовательниц. Однако долго сдерживать себя Аввакум не смог. Его слава проповедника старой веры и мученика за нее сделала его в глазах ревнителей старины предводителем раскола. К нему со всех сторон обращались за советами и разъяснениями в делах веры, у него искали утешения в минуту сомнения и колебания. В своих посланиях и речах Аввакум обвинял Никона и всех, принявших исправленные при нем книги, в ереси. Он писал, что в тех храмах, где служба происходит по исправленным книгам, нет настоящего богослужения, а использующие их священники — не истинные пастыри. Эти проповеди и писания Аввакума имели большой успех среди населения Москвы и многих отторгли от церкви. Московское духовенство стало жаловаться на него царю. Алесей Михайлович и сам увидел, что примирение с Аввакумом невозможно. В августе 1664 г. он послал ему сказать: «Власти на тебя жалуются церкви-де ты запустошил; поедь в ссылку опять». Местом проживания протопопу сначала назначили Пустозерский острог, но потом наказание смягчили и отправили Аввакума к Белому морю, в городок Мезень.
Здесь он прожил два года, пользуясь некоторыми удобствами и не подвергаясь особым стеснениям.
* * *
В начале 1666 г. в Москве собрался великий собор, на котором присутствовали два греческих патриарха (Александрийский и Антиохийский) и 30 архиереев, русских и греческих, от всех главных церквей православного востока. Именно этот собор окончательно решил и судьбу Никона, и судьбу Аввакума. Дело Никона рассматривалось первым. Суд над ним длился более полугода. Собор сначала ознакомился с делом в его отсутствие. Затем призвали самого патриарха, чтобы выслушать его объяснения и оправдания. Никон долго не хотел являться на судилище, не признавая над собой власти александрийского и антиохийского патриархов, потом, в декабре 1666 г., все же приехал в Москву, но держал себя гордо и непреклонно: вступал в споры с обвинителями и самим царем, который в слезах и волнении жаловался собору на многолетние провинности патриарха. В конце концов архиереи единогласно осудили Никона, лишили его патриаршего сана и священства. Обращенный в простого инока, он был сослан в Ферапонтов монастырь близ Белого озера. Здесь несколько лет Никона содержали с большой строгостью, почти как узника, но в 1671 г. Алексей велел снять стражу и позволил ему жить без всякого стеснения. Тогда Никон отчасти примирился со своей судьбой, начал принимать от царя деньги на содержание и подарки, завел собственное хозяйство, читал книги и лечил больных. С годами он стал постепенно слабеть умом и телом, его начали занимать мелкие дрязги, он ссорился с монахами, постоянно был недоволен, ругался без толку и писал царю доносы. После смерти в 1676 г. Алексея Михайловича положение Никона ухудшилось — его перевели в Кирилло-Белозерский монастырь под надзор двух старцев, которые должны были постоянно жить с ним в кельи и никого к нему не пускать. Только в 1681 г., уже тяжело больного и дряхлого, Никона выпустили из заточения. По дороге в Москву на берегу Которости он умер. Тело его привезли в Воскресенский монастырь и там похоронили. Царь Федор Алексеевич присутствовал при этом.