Отбывать срок Муну пришлось в концлагере в Хыннаме. Поблизости находились целые горы сульфата аммония, оставшиеся после японцев. Заключенные засыпали удобрения в мешки и грузили их в вагоны. Мешок весил 40 кг, а дневная норма на человека составляла 130 мешков. Работа была тупой и изматывающей. Между тем каждый заключенный получал в день всего три горсточки риса. От недоедания, а также от постоянного контакта с ядовитым удобрением они через год-полтора превращались в живые скелеты. Любое нарушение или невыполнение нормы наказывалось урезанием порции в два раза. Заболеть и не выйти на работу означало остаться без еды и подписать себе тем смертный приговор. Постоянно испытывая жестокие муки голода, большинство заключенных не могло думать ни о чем другом, кроме еды. Фактически люди за несколько месяцев превращались в Хыннаме в скотов, готовых ради пищи на что угодно.
Остаться человеком в этом аду и сохранить достоинство было нелегким делом. В одном из своих выступлений, много позже, Мун рассказывал, как ему это удалось.
Первым делом он постарался побороть в себе страх голода. В течение трех месяцев он съедал только половину своей порции, приучая себя смотреть на другую половину как на дар Бога. Когда установленный им срок прошел, Мун разрешил себе съедать весь рис и таким образом притупил чувство голода. Другая опасность таилась в самом характере работы. Большинство заключенных относилось к ней как к надсадной и непосильной. Они вставали утром с мрачным настроением, исполняли свою норму без всякой радости, вечером с трудом добирались до нар и проваливались в тяжелый сон. Впереди они видели лишь бесконечную вереницу таких же безрадостных трудных дней. Единственной светлой минутой для них было время кормежки, но именно потому, что они так страстно желали ее, она проходила слишком быстро. Эта унылая беспросветность, это постоянное угнетение духа были очень пагубны для здоровья.
Осознав это, Мун поставил перед собой задачу — работать с такой самоотдачей, как будто эта работа поручена ему самим Богом. После того как ему удалось соединить в своем сознании выполнение нормы со служением Богу, работа стала доставлять ему удовольствие. Он трудился с таким воодушевлением, что практически сохранил свои силы, несмотря на большую потерю в весе. Все порученные ему задания Мун исполнял с прилежанием, на совесть, и никогда не нарушал тюремных законов. Он был настолько примерным заключенным, что даже фанатичные коммунисты-тюремщики в конце концов стали его уважать. Так, находясь в неволе, Мун благодаря большой силе духа сумел сохранить внутреннюю свободу и не сломаться.
Из положенного ему срока он отсидел немногим больше полутора лет. Вскоре между Северной и Южной Кореей началась ожесточенная война. Выступавшие на стороне южан американские войска во второй половине 1950 г. овладели Хыннамом и освободили всех заключенных. Мун вернулся в Пхеньян, но через несколько месяцев положение на фронте изменилось. В Корею вошли отряды китайских добровольцев, наступление южнокорейских войск захлебнулось. Вскоре началось их отступление. Вместе с толпами беженцев Мун покинул Пхеньян. Тяжелый путь на юг он проделал в сопровождении двух членов его прежней общины. Чон-Фа Паком и Уон-Пил Кимом. У Пака была сломана нога. Ким и Мун везли его на велосипеде. Стоял уже декабрь месяц, постоянно шли холодные дожди и снег. Если дорога не позволяла ехать, Мун взваливал Пака на спину и подолгу нес на себе. (Ким тащил велосипед.) Часть пути проходила вдоль гор. В одном месте, в Инчоне, надо было переправляться на остров Ён-мэ через пролив шириной 5 км (перейти его вброд можно было только во время отлива). Но когда беглецы добрались до острова, оказалось, что последний паром ушел и свободных лодок не осталось. Муну с Паком на спине пришлось вернуться обратно и пройти со своей тяжелой ношей по пояс в ледяной воде еще 5 км. Позже он говорил, что это испытание было ниспослано ему Богом. «Если бы мне не удалось перенести господина Пака на остров, — объяснил он, — я не справился бы с ответственностью за восстановление Вселенной».
В январе 1951 г. едва живые от усталости беглецы добрались до Пусана. Город был наводнен беженцами. Невозможно было найти ни жилья, ни работы. Муну и Киму удалось снять крошечную комнату, где с трудом, тесно прижавшись друг к другу, могли спать три человека. Преданный Ким стал зарабатывать рисованием портретов и таким образом некоторое время содержал Муна. Весной тот также сумел устроиться докером в порт. Если не считать месяцев, проведенных в Хыннаме, этот был самый трудный период в жизни Муна. Чтобы сэкономить на жилье, учитель и ученик построили на одном из холмов за городом небольшую хижину из коробок от армейского провианта и прожили в ней почти два года. В свободное время Мун продолжал проповедовать свое учение, однако, без особого успеха.