Немного нас теперь для такого дела, но мы умножаемся и начинаем формировать батальон. Однако никогда отдельные члены не окрепнут в достаточной степени, если между ними не будет общей связи; поэтому нам необходимо создать устав для семьи, собранной здесь во имя Бога, и дать не только жизнь новоучреждаемому обществу, но и вечность. Помолимся же вместе, а также и каждый отдельно, чтобы воля Господня исполнилась». Когда возник вопрос о названии ордена, Лойола предложил: «Если вы мне доверяете, то мы назовем наше общество «Товариществом Иисуса».
Зимой 1539 г. Лойола составил проект устава и передал его папе. Помимо трех обычных монашеских обетов, здесь был четвертый: «Посвятить свою жизнь постоянному служению Христу и папе, исполнять военную службу под знаменем креста, служить только Иисусу и римскому первосвященнику как его земному наместнику; только настоящий папа и его преемники будут повелевать орденом…»
Павел III сразу понял, что в лице общества, основанного Лойолой, он приобретает надежного союзника в борьбе с ересями. В качестве испытания он послал некоторых его членов с поручениями в города Италии. 27 сентября 1540 г. он подписал буллу, которой учреждалось «Товарищество Иисуса», или «орден иезуитов». Наступило время избрания генерала. Понятно, что на этот пост рассматривалась только одна кандидатура — Игнатия Лойолы. Он дважды отказывался от предложенной ему чести, но в конце концов, видя в единодушии членов братства неисповедимую волю Божию, дал свое согласие. На страстной неделе, 17 апреля 1541 года, этот выбор был утвержден Павлом III.
Приняв сан генерала, Лойола избрал местом своего постоянного пребывания Рим.
Управляя многосторонней деятельностью своих последователей, он продолжал работать в созданной им небольшой школе, куда даже богатые родители охотно помещали своих детей — так велика была его известность как педагога. Кроме того, Лойола регулярно посещал еврейские кварталы, проповедуя христианство, а также рыночные площади, дома терпимости и притоны, где наставлял падших женщин. В городе были созданы два приюта, для раскаявшихся грешниц и для бедных девушек из благородных семей. Но главным делом Лойолы оставалась разработка организационной структуры ордена. Папа разрешил создание общества, основываясь только на проекте его устава. Со второй половины 1541 г. и до самой своей смерти, которая последовала 31 июля 1556 г., Лойола продолжал работать над этим документом.
Опубликован устав был уже после смерти первого генерала, по одним сведениям, в 1558 г., по другим — в 1584 г.
Анализируя печальное положение католической церкви, поколебленной отпадением нескольких миллионов верующих, Лойола точно определил, где находится корень происшедшего зла. Средство, намеченное им для исправления такого положения, было непростым, но совершенно правильным: перевоспитание современного общества должно начаться с подрастающего поколения, чтобы еще в детстве прививать людям неприятие реформаторских идей. А для этого дело образования во всем католическом мире должно сосредоточиться в одних руках, причем в руках надежных, то есть ордена иезуитов. Иезуиты брали на себя и другие задачи, которые обычно принимали духовные ордена — благотворительность, миссионерство, разъяснение богословских истин и т. п., но все это были цели второстепенные. Главной же задачей ордена Лойола поставил воспитание молодежи.
Внутреннее устройство «Общества Иисуса», как оно сложилось уже после смерти Лойолы, было по-военному четким. Орден разделялся на шесть классов. Первый класс, самый низший, составляли новиции, то есть молодые люди, готовившиеся в специальных заведениях к поступлению в орден. Каждый, изъявивший желание стать иезуитом, должен был, согласно требованиям устава, порвать все личные связи с миром, отречься от своей личной воли, личных убеждений, наклонностей и отдать себя всецело в распоряжение ордена «так, словно он был трупом». Второй класс составляли схоластики. В него вступали те новиции, которые выдерживали испытание. Они давали первые три обета — нищеты, целомудрия, послушания — и служили в качестве помощников учителей и миссионеров. По мере того как схоластики заявляли свои способности к тому или другому роду деятельности, они переходили в разряд духовных коадъюторов — третьего класса ордена, и назначались на должности учителей, профессоров, духовников и т. п.
Четвертый класс составляли профессы, которые давали четвертый обет — безусловного повиновения папе. В этот класс назначались из духовных коадъюторов, только отличавшихся выдающимися способностями, знаниями, верностью и опытностью.