Вскоре Альштедт стал главным центром Реформации во всей Тюрингии. В своих проповедях Мюнцер призывал относиться к католическими храмам, как к идольским капищам. Вдохновленная им толпа в марте 1524 г. сожгла в Маллербахе часовню, знаменитую своей чудодейственной иконой. Дело это наделало много шума и обратило на Мюнцера общее внимание.
В июле того же года в Альштедт, чтобы послушать здешнего проповедника, прибыли саксонские курфюрсты Иоанн и Фридрих Мудрый. Мюнцер мог выбрать для проповеди нейтральную тему, но не пожелал смягчать обычный резкий тон своих речей. Он выступил перед князьями с толкованием второй главы из книги пророка Даниила, придав ее содержанию апокалиптический смысл. Современный мир, говорил он, погрязший в пороках, близок к своему концу. Развратных правителей и безбожных попов ждет кара. Если князья не хотят быть сброшенными с престола, они должны помочь народу в его освобождении. «Оставьте пустую болтовню, будто сила Божия должна сделать это без помощи вашего меча, — говорил Мюнцер — Тех, кто противиться божественному откровению, следует убивать без всякого милосердия… ибо иначе христианская церковь не сможет вернуться к своим исконным началам. С наступлением жатвы следует вырвать плевелы из вертограда Божья. Господь сказал «Не жалейте безбожников, разбейте их алтари, разбейте и сожгите идолы их, чтобы гнев Мой не обрушился на вас». Курфюрсты были немало смущены дерзостью Мюнцера.
Однако дух времени был таков, что они покорно выслушали проповедь до конца и даже разрешили ее напечатать. Только книга Лютера «Послание саксонским князьям о мятежном духе» открыла им глаза. Лютер первый почувствовал, к чему клонятся выступления Мюнцера, и писал Фридриху: «Я обращаюсь к вам только потому, что понял из его писаний, что этот сатана не ограничится словами, а намерен пустить в ход кулаки, применить силу против властей и поднять настоящий бунт».
На Мюнцера начались гонения. Его типографию закрыли. Опасаясь ареста, он в начале августа ушел из Альштедта и переселился в свободный имперский город Мюльхаузен. Тут он написал свой ответ Лютеру — памфлет «Защитительная речь», полный резких личных выпадов и ругательств. Эта книга ознаменовала его открытый разрыв с «виттенбергским папой». Между тем выступления Мюнцера становились все более непримиримыми. В своих проповедях, обращенных к горожанам, он говорил, что мюльхаузенцы не обязаны подчиняться никакой власти, не должны платить кому-либо подати и что католическое духовенство должно быть изгнано. Он призывал ввести в городе власть общины и таким образом установить принцип справедливости и общей пользы, ликвидировав всякую возможность злоупотреблений. Семя его учения вскоре дало всходы в Мюльхаузене начались погромы монастырей и церквей: плебеи разбивали статуи, рвали священные покровы, швыряли в грязь иконы. Дальше больше — появились требования отмены всех налогов и поборов, изгнания попов и передачи власти общине, которая изберет Вечный совет и будет руководствоваться в свой политике божьим словом. При виде неистовой толпы бургомистры и члены совета поспешили скрыться. С немалым трудом магистрату удалось отстоять власть. Мюнцер был вынужден бежать.
В конце сентября вместе со своим другом бывшим монахом Пфейфером он отправился в Южную Германию. Здесь, в Южном Шварцвальде и смежных австрийских землях, уже разгорался пожар великой Крестьянской войны. Именно там сложились первые боевые отряды крестьян и был впервые выдвинут лозунг «божественной правды». Подробности пребывания здесь Мюнцера нам неизвестны. Его последователи активно действовали по всей Южной Германии, но сам он большей частью оставался в Гриссене, на шафхаузенской границе. К началу 1525 г. вся страна между Дунаем, Рейном и Лехом находилась в состоянии величайшего возбуждения. В феврале за оружие взялись верхнешвабские крестьяне, и вскоре число восставших здесь превысило 30 тысяч человек.
В середине февраля Мюнцер вернулся в Мюльхаузен, где после народного возмущения набрал большую силу его друг Пфейфер. Теперь ничего не мешало претворить в жизнь социальную программу Мюнцера. В своих проповедях он призывал ввести в городе «евангельское правление» — распустить магистрат и передать власть Вечному совету. 17 марта большинство горожан высказалось за роспуск магистрата. В тот же день был выбран Вечный совет. Мюнцер не занял никакой официальной должности. Но он присутствовал на каждом заседании совета и объявлял, насколько то или иное решение соответствует «божьему слову». Фактически он и Пфейфер управляли городом.