Через полчаса после взрыва на линкор прибыли все высшие руководители Черноморского флота: командующий вице-адмирал В.А. Пархоменко, член Военного совета вице-адмирал Н.М. Кулаков, начальник штаба вице-адмирал С.Е. Чурсин. Пархоменко всего как полгода принял флот у адмирала С.Г. Горшкова (убывшего на повышение в Москву). Теперь все действия на аварийном корабле выполнялись только по его приказам и распоряжениям. И от него — человека с двумя черными «пауками» (так между собой моряки называют большие адмиральские звезды) на золотых погонах — зависела судьба всех людей, находившихся на борту «Новороссийска». Совсем недавно Пархоменко, как командующий эскадрой, принимал линкор, часто плавал на нем и должен был знать его особенности. И вот теперь, когда подорванный корабль все глубже и глубже уходил носом в воду, одновременно кренясь на левый борт, все, кто был на нем, ждали от него спасительных решений и действий. А командующий флотом метался со своей свитой по накренившемуся кораблю с юта на бак и обратно, требуя докладов о состоянии корабля и мер по его спрямлению…
Прибыв на линкор, Пархоменко приостановил начатую было буксировку подорванного корабля и стал вникать в сложившуюся аварийную обстановку. К этому времени почти вся передняя часть линкора уже ушла под воду вместе со шпилями и толстенными якорь-цепью и цепным бриделем, которыми он крепко держался за якорь и носовую бочку (отсоединить их можно было лишь при помощи специальных резаков, доставив их на линкор, что требовало немало времени). Все это уже не позволяло отбуксировать корабль к отмели или отойти к ней своим ходом. Запоздалое приказание Пархоменко о возобновлении буксировки линкора к берегу не давало результатов — носовая часть корабля уже осела на грунт. Буксирам удалось лишь развернуть линкор кормой к берегу (при этом оттягивая ее влево и еще более увеличивая крен на левый борт!). Пошел третий час после взрыва…
Прибывший на линкор за 45 минут до роковой развязки Хуршудов, видя, что поступление воды остановить не удается, а крен на левый борт увеличивается, обратился, как того требует флотская субординация, к и.о. командующего эскадрой контр-адмиралу Н.И. Никольскому с просьбой предложить Пархоменко эвакуировать значительную часть моряков — до тысячи человек, скопившихся к тому времени в корме корабля после затопления носовых боевых постов и помещений, а также прибывших на помощь, но не задействованных. На это Никольский ответил: «Я уже дважды обращался к нему с таким предложением, но комфлотом резко отказал, заявив: “Не будем разводить панику!”». Адмирал, видимо, не терял надежды на спасение подорванного линкора, рассчитывая на небольшую глубину под кораблем: она была около 18 метров. Но лишь ширина линкора составляла более 28 метров, не считая высоких бортов, надстроек, труб, мачт, и при критическом крене корабль мог только лечь на борт (глубина места стоянки линкора, как выяснилось впоследствии, оказалась ложной — грунт, фиксировавшийся лотами и хорошо державший корабельные якоря, состоял из почти сорокаметрового, уплотнявшегося с глубиной слоя придонного ила).
Однако вскоре, после доклада начальника техуправления флота Иванова о том, что крен подходит к критическому, Пархоменко разрешил свести часть моряков, не занятых борьбой с водой, на берег. По кораблю пошла по-разному понятая личным составом команда, поданная вахтенным офицером Лаптевым: «Прибывшим с других кораблей и не занятым борьбой за живучесть — построиться на юте!» Эту запутавшую многих на линкоре команду (замечу, что ее двусмысленность спасла многих, успевших выйти наверх) из-за того, что внутрикорабельная трансляция работала не везде, смогли передать в нижние, наглухо задраенные помещения корабля, в основном голосом и по телефонам внутренней связи, на что ушло немало времени. Матросы, старшины и офицеры стали выходить наверх через узкие люки и горловины внутренних помещений, палуб, надстроек, башен и строиться на верхней палубе, на юте линкора. Группы моряков начали было производить посадку на подошедшие суда. Оперативный дежурный штаба эскадры получил приказание перейти на соседний крейсер и, распорядившись выключить «флагманский огонь», направился к трапу со своими документами.
Но тут накренившийся корабль как-то странно дернулся, немного выпрямился, потом снова резко накренился на левый борт. Погас свет… Крен продолжал стремительно нарастать. Плотные шеренги моряков, стоявших в строю на юте в ожидании подхода баркасов, стали скатываться в воду, в темноту с уходившей из-под ног палубы… А сверху, с надстроек и башен, начали сваливаться со своих штатных мест и со страшным грохотом падать на стальную палубу зенитные установки, оборудование, арматура… Срывавшиеся в воду и катившиеся по кренящейся палубе предметы калечили и убивали попадавших под них людей.