Все эти страшные разрушения пришлись по самой густозаселенной части корабля, где в носовых кубриках, расположенных на нескольких палубах-этажах спокойно спали на своих 2–3-х ярусных койках сотни матросов и старшин. По оценкам, при взрыве сразу же погибло 150–175 человек и было ранено более 130. Они стали первыми жертвами этой трагедии…
После некоторого замешательства на линкоре была объявлена сначала аварийная, а потом, по приказанию Сербулова, и боевая тревога. Для этого пришлось использовать рынду, для дублирования — подавать сигналы вахтенным и дневальным с помощью свистков боцманских дудок, а также голосом, так как корабельная звуковая сигнализация и радиотрансляция не работали из-за выхода из строя системы электропитания. Тем не менее экипаж довольно быстро занял места согласно боевому и аварийному расписанию. Были задраены водонепроницаемые переборки, люки и горловины, усилено наблюдение за воздухом и водой. Прозвучала команда: «Осмотреться в помещениях, в артиллерийских погребах и отсеках!» Были поданы к зенитным орудиям боевые патроны — многие моряки подумали, что началась война, корабль подвергся нападению с воздуха и в него попала бомба или же он подорван торпедой с подводной лодки, проникшей в базу… А после, когда это не подтвердилось, решили, что взорвался боезапас в первой башне главного калибра.
Тем временем по приказанию заместителя начальника штаба флота капитана 1-го ранга П.И. Овчарова, прибывшего на береговой флагманский пункт, экипаж линкора стал готовить корабль к буксировке на отмель. На соседних крейсерах, где дежурно-вахтенной службой был зафиксирован взрыв на «Новороссийске» и где тоже объявили боевую тревогу, собирали людей и аварийное имущество. Медицинским группам приказали направиться на помощь подорванному линкору, и они вскоре начали на своих баркасах подходить к его борту.
А на линкоре все три корабельные аварийные партии самоотверженно боролись с подступавшей водой. Наиболее тяжелая обстановка складывалась в носовой части корабля — в ее быстро затапливавшихся темных и тесных помещениях и отсеках, входы и выходы из которых разрушил взрыв и где еще оставались живые люди. Моряки нижней команды, действиями которых руководили из поста энергетики и живучести (сокращенно — ПЭЖ) Матусевич и командир дивизиона живучести инженер-капитан-лейтенант Ю.А. Городецкий, предпринимали оперативные меры по локализации последствий взрыва. Личный состав линкоровских аварийных партий (лишь одной из них командовал офицер — инженер-лейтенант А.Е. Михалюк, остальными руководили старшины) устанавливал на носовых переборках помещений, на дверях и люках — по путям распространения воды — сразу несколько эшелонов защитных подпоров. Аварийщики пытались подключить для откачки воды переносные водоотливные средства, ибо большинство стационарных на линкоре вышли из строя, но действия моряков затруднялись из-за отсутствия электропитания. С пуском резервного дизель-генератора оно было восстановлено лишь в некоторых местах линкора.
Артиллеристы корабля во главе с командиром артдивизиона главного калибра капитан-лейтенантом Марченко по приказанию Сербулова занялись осмотром погребов с боезапасом, особенно в носовых артиллерийских башнях главного калибра. Мысль о возможной детонации снарядов и о затоплении погребов не покидала многих.
Вскоре вода стала проникать в погреба первой башни главного калибра, а потом и второй. Несмотря на установку дополнительных креплений на их носовых переборках, они не выдерживали ее многотонное давление. Быстрое распространение забортной воды по кораблю вызвало крен: сначала — на правый борт, где находилась пробоина, а потом — на левый. При этом в воде оказались нижние бортовые иллюминаторы кают, часть которых оказалась незадраенной — их жильцы, сошедшие на берег в увольнение до утра и запершие их, ключи захватили с собой. Через незадраенные иллюминаторы вода хлынула внутрь помещений, еще более увеличивая крен… Задраивать иллюминаторы пришлось с помощью легких водолазов. Но, несмотря на принимавшиеся меры, положение линкора ухудшалось. Вода, продавливая переборки, попадала в основном в помещения по левому борту корабля, расположенные выше броневой палубы и ватерлинии, создавая в них большие, крайне опасные свободные водные поверхности. Тем самым верхняя часть корпуса линкора становилась тяжелее нижней и остойчивость его резко ухудшалась. Создавался так называемый опрокидывающий момент…