В разгар этой акции на Лубянке созрело «дело врачей». Это был толчок, сигнал для начала новых репрессий по образцу 1937 года, жертвами которых должны были стать не партийные работники, а тысячи интеллигентов с депортацией их из центральных городов и областей в необжитые районы Севера, Сибири, Урала. В первую очередь Сталин имел в виду еврейское население, к которому в тот период был особенно негативно настроен. Он считал, что Запад, боясь растущего могущества СССР, будет искать путей его подрыва, и его «пятой колонной» окажется международный сионизм, «внедряющий агентов в еврейскую среду»… Кроме того, диктатор полагал, что новая чистка освободит партию и страну от «зазнавшихся» чиновников и ненужных ему приближенных.
Так в недрах госбезопасности в течение почти четырех лет зрело провокационное дело, принявшее окончательные формы и наименование после решения президиума ЦК в декабре 1952 года — «дело кремлевских врачей-убийц». Поводом стала преждевременная смерть от инфаркта миокарда видных руководящих работников партии: 10 мая 1945 года в возрасте 44 лет скончался А.С. Щербаков, а 31 августа 1948 года на 52-м году жизни — А.А. Жданов.
Началом делу послужило письменное обращение, переданное через начальника охраны Сталина врачом Л.Ф. Тимашук, снимавшей кардиограмму сердца у Жданова в 1948 году. По заключению Тимашук, это был инфаркт и больному нужен был постельный режим. Профессора П. Егоров и В. Виноградов вынесли свое решение, которое не требовало постельного режима. Они считали, что инфаркта нет. Через некоторое время Жданов скончался. Это послужило толчком для второго письма Тимашук в адрес ЦК партии о том, что Жданов скончался из-за неправильно поставленного профессорами диагноза. В письме были такие строки: «Врачи были агентами националистической организации “Джойнт”».
Несмотря на многочисленные ссылки историков, это письмо в подлиннике никогда не публиковалось, хотя комментариев было предостаточно. Позже Хрущев говорил, что Тимашук была сексотом МГБ. Однако и это документально никогда не было подтверждено.
18 ноября 1950 года МГБ арестовало профессора Я.Г. Этингера. Одновременно взяли его жену — врача Р.К. Викторову, и сына, студента-историка — надо понимать, «за компанию», чтобы профессор «активнее» давал показания. Этот способ был уже освоен чекистскими палачами.
Этингера обвинили в смерти Щербакова. Дело вел следователь по особо важным делам подполковник Рюмин. Никого не смущало, что следствие было начато через пять лет после кончины Щербакова, а письма Тимашук касались только Жданова. При «интенсивных» допросах Этингер скончался уже 2 марта 1951 года в тюрьме МГБ на Лубянке.
Следователь Рюмин все активнее разворачивал «дело врачей». Как говорилось выше, он обратился к Сталину с письмом о том, что министр госбезопасности Абакумов мешает ему вести расследование. Решением ЦК Абакумов был отстранен от должности и арестован «за недостаточную активность ведения “дела врачей”» и за сокрытие «сионистского заговора». А в конце 1952 года, как пишет со ссылкой на документы партархивов в своем труде «Взлет и падение И.В. Сталина» Ф. Волков, диктатор дал указание Берии — арестовать группу виднейших светил медицины. «Арестованы профессора В.Н. Виноградов, М.С. Вовси, Б.Б. Коган, М.Б. Коган, А.М. Гринштейн, П. Егоров, В.Х. Василенко и др. Сталин приказал на академика Виноградова одеть кандалы, других нещадно бить…» Новому министру госбезопасности Игнатьеву заявлено: «Если не добьетесь признания врачей, то с вас снимем голову».
Всего по «делу врачей» в Москве было арестовано 37 человек — 28 медиков и их родственники. Список арестованных (только самых известных) был опубликован в газетах 13 января 1953 года. Как следует из «признаний» части обвиняемых профессоров и врачей, выколоченных из них палачами с Лубянки, они имели задание разведок капиталистических стран: умертвить Щербакова, Жданова, затем Маленкова, Берию, Сталина. Всех подследственных заставили подписать протоколы допросов, признания в терроризме.
Аресты врачей шли и в столицах союзных республик и в других городах РСФСР: Ростове-на-Дону и Челябинске, где местных медиков И. Лившица, Г. Благмана, Г. Полпака и Р. Дымшица обвинили в том, что они заведомо неправильным лечением ускорили смерть директора Магнитогорского металлургического комбината. Примечательно, что среди арестованных врачей был профессор генерал-майор М. Вовси, не практиковавший в кремлевских лечебницах. Но при этом он был двоюродным братом С. Михоэлса, который возглавлял в свое время Еврейский антифашистский комитет и был уничтожен без суда.